Già nel 1985, il Museion è stato fondato da un'associazione privata con il sostegno della Provincia Autonoma di Bolzano. Allora si trovava in Via Sernesi a Bolzano e aveva l'obbiettivo di promuovere e documentare le arti visive nell'area tra Ala e Kufstein, quindi il Tirolo storico, a partire dal 1900 in poi. Solo verso l'inizio degli anni Novanta si iniziò a confrontare tra le espressioni artistiche italiane e tedesche, ed in questo modo è nato nel 1991 il nome "Museion". Al giorno d'oggi, il Museion viene diretto dalla Fondazione Museion, composta dall'Associazione Museion e la Provincia Autonoma di Bolzano, e viene finanziato da membri e dalla fondazione.

La nuova sede, realizzata dagli architetti KSV Krüger Schuberth Vandreike di Berlino, è stata inaugurata a maggio 2008, assieme ad un ponte per pedoni e ciclisti nel quartiere di Centro-Piani. La sua forma cubica salta subito all'occhio ed ha un forte impatto visivo. Si tratta di un museo aperto con le facciate in vetro che, con la loro trasparenza, mettono in comunicazione il centro storico con la città nuova. La collezione conta oltre 4.500 opere, le tematiche sono l'arte e i linguaggi della scultura, la rilettura critica del presente e le posizioni di artisti extraeuropei.

Il museo stesso si vede non solo come "contenitore" per opere d'arte, ma piuttosto come laboratorio internazionale di ricerca con una vocazione all'interdisciplinarità, che pone al centro del suo sviluppo la collezione. Inoltre rivolge la parola a tutte le generazioni, per quelli più giovani ci sono vari percorsi interattivi e giochi. E come si raggiunge il Museion? Si trova in Piazza Piero Siena, nelle vicinanze di Ponte Talvera e dell'Università di Bolzano. Il museo, che non offre possibilità di parcheggio, è raggiungibile dai Portici di Bolzano in una camminata di ca. 10 minuti.